L'actual torre de Sant Nicolau s'aixeca en el mateix lloc on n'hi havia un altre més antiga d'època medieval, i adopta el nom per la proximitat a un oratori dedicat a sant Nicolau, enderrocat el 1799. Aquesta torre es construeix a les acaballes del segle XVII per protegir l’entrada del port i de les cales properes a Ciutadella i evitar el desembarcament de vaixells enemics. Els plànols que es conserven són dels enginyers militars Josep Castellón i Blas Zappino, de 1680 i 1872 respectivament, malgrat que la torre ha patit diverses intervencions amb posterioritat per adaptar-la a les exigències artilleres de cada moment. Deixa de tenir ús defensiu en el segle XIX. Amb les darreres restauracions es recupera l’aspecte original de la construcció.
Està oberta al públic durant la temporada turística i des de la terrassa artillera es gaudeix d'unes impressionants postes de sol.